安徽省功能性果饮生态发酵工程研究中心于2022年1月获安徽省发展和改革委员会批准立项，是阜阳师范大学围绕国家和安徽省“生命健康产业”与“绿色食品产业”的战略需求，重点培育的科技成果研发及转化平台。中心依托阜阳师范大学生物学一级学科硕士点及博士建设点，通过整合安徽省果酒绿色加工产业技术研究院、安徽省“115”产业创新团队、安徽省农业农村厅“药食同源绿色加工综合实验站”、阜阳市果酒工程技术研究中心、阜阳师范大学应用生物技术研究所及本领域龙头企业的科研力量组建而成。中心聚焦水果产业存在的突出问题与产业链薄弱环节，凝练了“水果功能性成分研究与开发”、“功能性果饮开发与产业化”、“水果加工副产物综合化、高值化与生态化利用”三大研究方向，形成了“三室两基地”的平台发展格局。

中心现有研究人员67名，其中副高及以上职称30人，博士24人，分别毕业于江南大学、中国农业大学、南京农业大学、合肥工业大学、上海海洋大学等知名高校。建成了一支学历层次高、整体结构合理、科研能力强、满足多层次人才培养、综合研发、产业创新的产学研一体化的科研创新队伍。

中心现有实验室面积约2400㎡，设有研究室3个，包括（1）果品功能性成分研究室，（2）功能性果饮工艺研究室，（3）副产物综合利用研究室；在合作企业设有2个基地，包括中试基地、产业化基地。中心科研设备原值4430万元，近年来承担科研项目56项，制定国家标准3项，行业标准6项；授权发明专利22项；获省部级以上奖项9项。

中心以企业需求和市场为导向，整合区域内外的各种创新资源和创新要素，加强与高校、科研院所等开展多方位交流、多样化协作，跨学科、跨部门、跨行业组织实施深度合作和开放创新，采取风险共担，采取优势互补、资源共享，产学研深度融合的科研模式，致力于功能性果饮及加工副产物综合利用领域的重大理论、关键共性问题研究与成果转化，努力建成省内一流、国内有影响力的科研创新平台及服务地方发展的高地。